Das wichtigste Merkmal der fließenden Gewässer ist die Fließgeschwindigkeit, die immer größer als 0 m/s ist. Zwar gibt es auch Fließgewässer, die kurzzeitig stehen. Doch auch das Wasser in diesen Läufen bewegt sich die meiste Zeit des Jahres. Fließgewässer können sowohl natürlichen (Bäche, Flüsse, Ströme) als auch künstlichen (Gräben und Kanäle) Ursprungs sein.
Organismen müssen sich der Strömung anpassen. Ansonsten werden sie mitgerissen und weggetragen.
Wegen der vielen Verwirbelungen ist das Wasser der fließenden Gewässer zumeist sauerstoffreicher als das der stehenden Gewässer.

In den stärker fließenden Gewässern müssen die Larven, um nicht mitgerissen zu werden, die strömungsberuhigten Orte bewohnen. Diese sind in den Wurzeln von Bäumen und größeren Pflanzen, hinter umgestürzten Bäumen, großen Steinen oder Buhnen zu finden. In langsam fließenden Gewässern leben die Larven aber auch im Strömungsbereich.
Aber auch die Körperform der Libellenlarven hat sich der Strömung angepasst: Die Larven, die im Strömungsbereich leben, haben einen langgestreckten, schmalem Körper.

In früheren Zeiten, aber auch noch heute "stören" stark mäandrierende (gewundene) Flüsse deren Nutzung und die Bewirtschaftung des anliegenden Landes. Die Flüsse wurden/werden begradigt, ihrer Überflutungsbereiche beraubt und in ein enges Korsett aus Stein und Beton gezwängt. Die Fließgeschwindigkeit steigt an, Pflanzen können nicht wachsen, da sie keinen Halt finden. Auch Libellenlarven finden keine Versteckmöglichkeiten und damit keinen Lebensraum mehr. Die Libelle verschwindet.
Die meisten kleinen Fließgewässer dienen der Entwässerung des umgebenden Wiesen- und Ackerlandes. Da ein zu starker Bewuchs die Fließgeschwindigkeit stark herabsetzt, muss der Graben oder Bach in regelmäßigen Abständen von dem Bewuchs gereinigt werden. Am einfachsten und effektivsten ist die Totalräumung: Uferböschung und Bett werden regelrecht abgefräst, sämtliche Pflanzen (und die an und zwischen ihnen lebenden Tiere) werden maschinell herausgerissen, zurück bleibt nur unbewachsener Boden. Nach der Beräumung steigt die Fließgeschwindigkeit, das Wasser der Wiesen kann schneller abgeführt werden. Der Preis: Pflanzen und Tiere sind tot, die Libellenlarven wurden mit an Land gerissen und sterben hier sehr schnell, die erwachsenen Libellen finden keinen Eiablageplatz mehr. Die Libelle verschwindet. (Zum Glück setzt sich aber langsam auch ein neues Denken bei der Fließgewässerräumung durch: Die umweltfreundlichere Methode heisst Teilräumung. Wie der Name schon vermuten lässt, werden hierbei nur Teilbereiche der Gewässer, wie etwa nur eine Uferseite oder nur ein kürzerer Abschnitt geräumt. Tiere und Pflanzen können an den ungeräumten Abschnitten überleben und langsam die geräumten Abschnitte wieder besiedeln. Zwar werden auch bei dieser Methode Tiere und Pflanzen getötet, doch ist die Wahrscheinlichkeit eines Überlebens in den ungeräumten Teilbereichen wesentlich größer als bei einer Totalräumung.)
Mit einer Verrohrung von Fließgewässern (aus welchem Grund auch immer) verlieren diese ihren Anspruch, Lebensraum von Pflanzen und Tieren zu sein.
Gut gemeinte, aber unbedachte Baumpflanzaktionen an den Ufern k�nnen sich besonders an schmaleren Fließgewässern negativ auf die Libellenfauna auswirken. Eine starke Beschattung kann dazu führen, dass sich das Wasser nicht mehr ausreichend erwärmen kann. Ein zu starker und dichter Gehölzriegel kann den Libellen die Sicht auf das Wasser versperren, der Bach ist für sie dann nur als eine Baumreihe wahrnehmbar. Da die Libellen hier keine Eiablageplätze vorfinden (weil ja für sie kein Bach da ist), verschwindet die Libelle. (Besser ist hier eine lockere Bepflanzung mit verschiedenen einheimischen Baum- und Straucharten. Zwischen den einzelnen Pflanzgruppen sollten einige dutzend Meter Ufer unbepflanzt bleiben, damit sich auch andere Pflanzen ansiedeln können. Auch auf den Libellenbestand wird sich diese Bepflanzung positiv auswirken. Durch die Vielzahl unterschiedlicher Strukturen können auch andere Tiergruppen einen neuen Lebensraum finden.)

Abb. 2: Männchen der Blauflügel-Prachtlibelle (Calopteryx virgo), einer typischen Fließgewässerart

Vielerorts gelten (leider auch heute noch) Fließgewässer als effektive Abfallgruben: Fester als auch flüssiger Müll werden in das Wasser geschüttet, welches die gefährliche Fracht mehr oder minder schnell wegträgt. Gewollt oder ungewollt werden die Gewässer so zu einer Kloake mit einem so feindlichen Lebensklima, dass Pflanzen und Tiere absterben oder fernbleiben. Schon mancher Fluss ist so zu einer biologisch toten Sondermülldeponie verkommen. Es bedarf dann vieler Mühen und Gelder (von der Abräumung des vergifteten Bodens bis zum Bau effektiver Kläranlagen), um dem Gewässer wieder Leben einzuhauchen.
Aber auch die intensive Nutzung der ufernahen Äcker und Wiesen führt zur "Vergiftung" der Flüsse. Bei zu starker Düngung werden vom Boden nicht aufgenommene Düngestoffe mit dem Grundwasser in die Gräben geleitet, wo sie sich ansammeln und ein lebensfeindliches Klima im Wasser erzeugen können. Durch Extensivierung der Nutzung, durch Einhaltung eines breiten Tabu-Bereiches für Düngung am Flussufer oder durch effektivere Düngung (Stichwort "Precision Farming") lässt sich der Nährstoffeintrag in Fließgewässern verringern oder gar vermeiden.